Genomische fokwaardenschatting

Algemene beschrijving
Een genomische fokwaarde is geschat met behulp van kenmerken gemeten aan verwanten en een Direct Genomic Value (DGV). De DGV is gebaseerd op een groot aantal kleine variaties in het DNA van een dier. Deze kleine variaties worden SNP’s genoemd (zeg snips). Er zijn SNP chips voor rundvee met 50,000, 150,000, 650,000 en 777,000 SNP’s. Met geavanceerde technieken zijn deze chips prima naast elkaar te gebruiken.

De betekenis van de SNP’s voor de DGV van een kenmerk wordt geschat met een referentiepopulatie. Hierna kan voor elk dier dat voor al deze SNP’s is getypeerd een DGV worden uitgerekend. De DGV wordt vervolgens gebruikt in de fokwaardenschatting. De betrouwbaarheid van een genomische fokwaarde is meestal hoger dan de betrouwbaarheid van een fokwaarde geschat met alleen informatie van ouders, halfzussen en halfbroers. Het betekent dat er al op zeer jonge leeftijd een behoorlijk betrouwbare fokwaarde beschikbaar is.

De genotypering van SNP’s krijgt dus alleen betekenis in de context van een referentiepopulatie.

Introductie in Nederland
Genomische fokwaarden maken sinds 2010 deel uit van de fokwaardenschatting voor stieren. De toelating is gebeurd op basis van het rapport “Introduction of genomic Breeding Values in the Dutch National Breeding Value Estimation” uit januari 2010. Dit rapport beschrijft het beleid en de te volgen procedures.

De toelating van genomische fokwaarden in 2010 is verlopen volgens de vaste procedure om veranderingen in fokwaardenschatting te implementeren. Zo is de introductie besproken met alle deelnemers, rapport besproken in de Technische Commissie en het advies van de Technische Commissie besproken in het bestuur van GES. In hetzelfde jaar heeft CRV aan de kwaliteitseisen van GES voldaan en sindsdien levert CRV de DGV’s aan die gebruikt worden in de fokwaardenschatting.

In augustus 2014 is gMACE geïntroduceerd door Interbull, na een lange ontwikkelingsperiode. GES heeft deze verandering volgens de vaste procedure beoordeeld. In augustus 2014 heeft GES de Interbull fokwaarde voor het eerst meegenomen. Dit betekent dat stieren die ze in eigendom hebben, ook kunnen laten testen in bijvoorbeeld het Verenigd Koninkrijk om zo genomische fokwaarden via Interbull en GES te verkrijgen. Hiermee kan iedere partij via GES, genomische fokwaarden krijgen.

Interbull heeft de GES genomische fokwaardenschatting (met gebruik van DGV’s geaccrediteerde providers) erkend. Dat is belangrijk want de EU heeft op 15 oktober 2010 aangegeven dat genomische fokwaarden erkend door Interbull, ook erkend moeten worden in relatie tot het vrije handelsverkeer. “Commission services consider that the breeding values which were established in accordance with the aforementioned approved systems comply with the requirements of Part III of Annex I to Decision 2006/427/EC and qualify bulls so tested for artificial insemination in accordance with Article 2(1), second indent, of Directive 87/328/EEC”.

Formele afspraken
Omdat een SNP genotype alleen betekenis heeft in de context van een referentiepopulatie, accepteert GES niet SNP genotypes, maar alleen DGV‘s op voorwaarde dat de DGV‘s aan de kwaliteitseisen voldoen.
Concreet betekent dit dat er drie routes zijn die fokkers en stiereigenaren kunnen volgen om DGV‘s aan te leveren die GES publiceert:
  1. Zelf investeren in een referentie populatie en DGV berekening, en hiervoor zorgen dat GES de kwaliteit goedkeurt, en dat Inerbull validatie eisen voldoen.
  2. Afspraken maken met een bestaande rekencentrum over de berekening van DGV‘s. Op dit moment doet alleen CRV dit in Nederland.
  3. Afspraken maken met een buitenlandse referentiepopulatie en een bij Interbull aangesloten rekencentrum en daarna via Interbull DGV‘s ontvangen die in de Nederlandse fokwaardenschatting worden meegenomen.
De Nederlandse en Interbull DGV‘s worden vervolgens gezamenlijk meegenomen in de nationale fokwaardenschatting voor stieren.